迪庆州有着丰富的水资源，境内有金沙江、澜沧江自北而南贯穿全境。金沙江流经迪庆境内430公里，流域面积16810.8平方公里, 流域内流域面积100平方公里以上的支流有43条，其中流域面积较大的河流有许曲、冈曲、珠巴洛河、腊普河、硕多岗河、尼汝河等；澜沧江在州境内流程320公里,流域面积7059.2平方公里, 澜沧江流域内流域面积100平方公里以上的河流有14条，其中流域面积较大的河流有阿东河、永春河等。这些支流沿两江干流四射分布，形成典型的羽状水系．全州多年平均水资源总量119.73亿立方米，多年平均人均占有水资源29563立方米，可利用量95.7亿立方米。 迪庆地貌群山起伏，纵横交错，在海拔3000米以上的群山中，高原平坝的低洼处，湖泊星罗棋布，大小湖泊约94个，面积较大的湖泊主要有纳帕海、碧塔海、属都湖等。

据统计，2016年全州年平均降水量1187.6毫米，折合降水总量275.85亿立方米，2016年全州地表水水资源量128.71亿立方米，其中香格里拉市为49.38亿立方米，德钦县为39.25亿立方米，维西县为40.08亿立方米。按流域分，金沙江流域地表水资源量为77.66亿立方米，澜沧江流域地表水资源量为51.05亿立方米。

2016年全州河道外供水量1.4713亿立方米，其中，农业用水量1.1182亿立方米；工业用水量0.1598亿立方米；生活用水量0.1824亿立方米；生态环境用水量0.0109亿立方米。2016年全州水功能区水质达标率为91.7%，集中式供水水源地水质达标率为100%。

近年来，在各级政府和相关部门的强力推动下，最严格水资源管理制度全面推进，成效显著。一是制度体系基本建立。州政府印发了实行最严格水资源管理的意见、实行最严格水资源管理制度考核办法等，各县市人民政府出台配套文件，最严格水资源管理制度体系基本建立。二是指标体系全覆盖。州水务局加强协调督导，将“三条红线”4项考核指标和阶段性管理目标，分解落实到县（市）、乡（镇）行政区，推进重点江河水量分配，着力构建覆盖行政区和流域的水资源管理控制指标体系。三是责任体系逐级落实。建立了由各级政府主要负责人负总责的最严格水资源管理制度行政首长负责制，最严格水资源管理由部门推动向政府全面推动转型。四是考核问责严格实施。州水务局联合州发改委等11个部门成立考核工作组，对全州各县市进行考核，并作为各县（市）政府主要负责人和领导班子综合考评的重要依据。从考核结果看，2014年、2015年、2016年“三条红线”四项指标全部实现年度控制目标。